La microbiología médica diagnóstica es de particular interés por el reconocimiento de su valor como ayuda en el diagnóstico de las infeccione animales. Se puede obtener información especifica de las infecciones con solo aplicar métodos microbiológicos que pueden realizarse con un mínimo esfuerzo y equipo. 

La microbiología diagnóstica se refiere a: diagnóstico etiológico de las enfermedades infecciosas mediante el aislamiento e identificación de microorganismos infecciosos y la demostración de respuestas inmunológicas y 2) La selección razonada de los fármacos antimicrobianos que se van a utilizar en el tratamiento. 

Los resultados de las pruebas de microbiología diagnóstica en el estudio de las enfermedades infecciosas están en función de la naturaleza de la muestra, el cuidado con que esta se recoja, el tiempo en que se recolecte y la habilidad técnica de quien realice las pruebas.