El café orgánico es un producto diferenciado, reúne características que lo hacen particular y dirigido a sectores específicos de consumidores. Estos consumidores también se interesan por la mejora de las condiciones de las familias organizadas de pequeños y medianos productores de café, que son evaluadas por las normas de la certificación de Comercio Justo. La calidad más estos dos elementos de diferenciación (orgánico y de comercio justo) conforman un nicho particular de mercado para el café, que se convierte en una oportunidad y un desafío para pequeños y medianos productores de café organizados de los países en Mesoamérica.
 
Las organizaciones de productores y productoras que pretenden trascender con éxito a la producción orgánica de café deben combinar las motivaciones ambientales (cambio climático, deterioro de los suelos, efectos dañinos de los plaguicidas en diferentes ámbitos) con un análisis serio de las posibilidades que la iniciativa tiene desde el mercado y, de las exigencias que le plantea en caso de resultado positivo.